Struktur pemerintahan Provinsi Papua Pegunungan dipimpin oleh gubernur dan didukung oleh DPRD Provinsi dalam perumusan kebijakan. Di tingkat kabupaten/kota, pemerintahan dijalankan oleh bupati atau wali kota bersama DPRD setempat. Selain itu, lembaga peradilan seperti pengadilan umum, militer, dan tata usaha negara berperan dalam menegakkan hukum. Struktur ini memastikan tata kelola pemerintahan yang efektif bagi masyarakat Papua Pegunungan.