Sebagian besar penduduk provinsi Papua Pegunungan dihuni oleh suku asli Papua. Data dari Badan Pusat Statistik melalui Sensus Penduduk Indonesia 2010, kelompok suku bangsa di Papua dikategorikan sebagai orang Papua dan Non Papua atau bukan penduduk asli Papua. Berdasarkan data sensus tersebut, untuk wilayah Papua Pegunungan, jumlah penduduk berdasarkan suku bangsa berdasarkan jenis kelamin laki-laki, bahwa sebanyak 440.689 jiwa atau 96,61% adalah orang Papua dan selebihnya sebanyak 15.469 jiwa atau 3,39% adalah Non Papua, yang sebagian besarnya berada di Kabupaten Jayawijaya.
Kebanyakan suku-suku di provinsi ini adalah bagian dari wilayah adat La Pago seperti Dani, Lani, Yali, Walak, Nduga, dan Nggem. Di sebelah timurnya wilayah Kabupaten Yahukimo seperti Hubla, Kimyal, Momuna, Una-Ukam, Mek, Yalimek, Ngalik, Tokuni, Obini, Korowai, Duwe, Obukain, Kopkaka, dan Bese; di wilayah Kabupaten Pegunungan Bintang seperti Arintap, Ketengban, Kimki, Lepki, Murop, Ngalum, dan Yetfa.
Berikut adalah jumlah penduduk provinsi Papua Pegunungan berdasarkan orang asli Papua dan pendatang menurut sensus tahun 2022 oleh Badan Pusat Statistik (BPS)
